本校前身為創立於民國54年的健行工業專科學校，創校之初設有土木工程、電訊工程、建築工程及工業管理等四科六班，經逐年擴展，於83學年度奉准改制為「健行工商專科學校」。為配合技職教育變革，本校獲教育部核准，自88學年起改制為「健行技術學院」。89年1月奉准更名為「清雲技術學院」，繼電子、電機、機械、土木、工管、國貿等6系之後，90學年度新增企管、行銷、資管、財金等4系。91學年度增加資工及應外系2系。91、92學年度，本校亦陸續成立機械、電子、電機研究所。

由101學年起，本校奉准改名為健行科技大學，邁入新的里程碑。93學年獲准成立經營管理研究所、土木與防災研究所；94學年度新增國際企業管理研究所、中亞研究所；95學年度土木與防災研究所更名為「空間資訊與防災科技研究所」；96學年度新增電腦通訊與系統工程研究所、應用空間資訊系、物業管理學位學程及材料製造科技學位學程；97學年度新增資訊工程研究所及資訊管理研究所。經過多年來的努力發展，本校目前合計有13個學系、2個學位學程、10個研究所。

本校創立四十餘年來，培育術德兼備之有為青年無數，在董事會及歷任校長領導擘劃下，不斷增建校舍、充實設備，延攬學有專精之國內外學者來校執教，加強師資陣容，期能質量兼顧，開創本校宏觀的新紀元。